Cette couche contient l'évaluation morphologique des berges et du lit des cours d'eau (écomorphologie) sur les principales rivières jurassiennes. Ces relevés reflètent l'état du cours d'eau, naturel/semi-naturel, peu atteint, très atteint, artificiel ou mis sous terre. La carte écomorphologie illustre la qualité des cours d'eau en tant que milieux de vie terrestre et aquatique pour la faune et la flore. Elle permet de mettre en évidence les tronçons de ruisseau ayant une dynamique naturelle et ceux qui l'ont perdue au cours du temps. Les obstacles artificiels (seuils, barrage,...) et naturels (chute d'eau,...) à la migration piscicole sont également relevés Deux méthodes de relevés de terrain sont utilisés : Ecomorphologie niveau R et Ecomorphologie niveau C. La première permet d'apprécier globalement l'état d'un cours d'eau tandis que la seconde différencie les notes de structure, équivalent à l'habitat aquatique, de l'espace, à savoir les rives comme habitat terrestre. Les obstacles à la migration sont, pour leur part, représentés par un signe ponctuel.